Knytt Experiment je značně upravená verze původního Knyttu. Asi nejviditelnější novinka je plynulé přecházení po levelu(a ne po obrazovkách, jako tomu je v ostatních Nifflasových hrách). Dále hra obsahuje editor levelů, a možnost po stisku klávesy A nafouknout balónek, s nímž může Knytt létat.